Penubuhan PENA pada awal 60-an dapat difahami dengan meninjau peristiwa politik sebelumnya dan kegiatan tokoh-tokoh penulis yang menubuhkannya. Pada zaman sebelum merdeka, ramai penulis dari semenanjung tanah Melayu berhijrah ke Singapura untuk bekerja dengan penerbit-penerbit di pulau itu. Kamaluddin Muhammad (Keris Mas), Usman Awang (Tongkat Warrant), Abdul Wahab Muhammad (Awam II-Sarkam), Abu Yazid Abidin (Wijaya Mala) dan Mohd Asraf Abdul Wahab (Asraf) misalnya sangat cergas menulis dan juga bergiat dalam persatuan penulis, Angkatan Sasterawan 50 atau ringkasnya ASAS 50, yang ditubuhkan pada Ogos 1950.

Aktivis dalam ASAS 50 yang berslogankan "Sastera Untuk Masyarakat", telah menulis beberapa memorandum penting tentang bahasa, kesusasteraan dan pendidikan (termasuk cadangan menubuhkan badan seperti Balai Pustaka Indonesia) yang telah dibincangkan dalam kongres-kongres bahasa dan persuratan di Singapura, Johor Bahru dan Seremban. Ahli-ahli persatuan ini adalah kelompok yang bukan sahaja berkarya dengan sikap yang komited terhadap masyarakat tetapi menjadi pemikir budaya nasionalis yang jauh pandangannya terhadap kemerdekaan serta pembangunan bangsa. Menjelang merdeka (1957) ramai pengarang di Singapura berpindah ke Kuala Lumpur; ada yang bekerja di Utusan Melayu, di Dewan Bahasa dan Pustaka dan di penerbit-penerbit lain. Di ibu kota ini kebanyakan mereka (seperti Keris Mas, Usman Awang, Salleh Daud, A.Samad Said, Ahmad Boestamam, Asraf, Awam Al-Sarkam) duduk berkampung di Kawasan Melayu, Petaling Jaya. Petaling Jaya juga menjadi kampus bagi Universiti Malaya mulai 1959. Di kampung ini beberapa pensyarah dan mahasiswa sangat aktif mengkaji dan berbicara tentang bahasa, sastera dan pengajian Melayu. Mohd. Taib Osman, Ismail Hussein, Agus Salim, Syed Husin Ali, Kassim Ahmad dan kemudian Yusuf Hitam, Norzah, Hassan Ahmad dan Hassan Ibrahim adalah antara yang aktif dalam penulisan dan pergerakan Persatuan Bahasa Melayu Universiti Malaya (PBMUM) pada zaman awal merdeka itu. Dengan demikian, seringlah berlaku pertemuan dan perbincangan antara penulis yang tinggal di Kawasan Melayu seperti Keris Mas, Usman Awang, Asraf dan A. Samad Ismail (yang berpindah ke Kuala Lumpur bagi menjadi pengarang berita harian) dengan para mahasiswa seperti Syed Husin dan Kassim Ahmad. Dalam kalangan mereka inilah tercetusnya idea untuk menubuhkan sebuah persatuan penulis yang sesuai dengan keadaan politik semasa bagi bergerak dalam negara baru yang merdeka.

Walaupun idea awal untuk mewujudkan persatuan penulis ini tercetus dalam kalangan penggerak ASAS 50, tetapi mereka menginsafi bahawa persekitaran ASAS 50, yang tumbuh pada zaman penjajahan di Singapura tidaklah sama dengan apa yang ada di Kuala Lumpur pada zaman kemerdekaan. ASAS 50 itu muncul pada masa awal kebangkitan membina bangsa yang merdeka. Jadi gagasan PENA itu dirancangkan berbeza daripada ASAS 50, iaitu mesti bertujuan kebangsaan - mementingkan perpaduan, keperibadian, serta bahasa dan sastera kebangsaan yang berasaskan bahasa Melayu. Dengan semangat kebangsaan itu maka sebuah kertas kerja tentang tujuan persatuan telah disediakan untuk diketengahkan dalam pertemuan 12 februari 1961 yang dirasmikan oleh Menteri Pelajaran, Abdul Rahman Talib, di Dewan Kuliah A, Universiti Malaya, Kuala Lumpur. Hasilnya, terbentuklah jawatankuasa kerja: Usman Awang (ketua I), Yunus Maris (ketua II), Syed Hussin Ali (setiausaha I), Yusof Hitam (setiausaha II), Zain Arif (bendahari) serta ahli-ahli jawatankuasa, Kassim Ahmad, Ali Haji Ahmad, Azah Aziz, Wan A. Hamid; pemeriksa kira-kira, Mustapha Kamil Yassin dan Aishah Ghani. Pendaftaran PENA kemudian disahkan oleh kerajaan pada 2 September 1962. Maka dengan itu bermulalah sejarah sebuah persatuan penulis yang sangat penting pada awal zaman merdeka dengan berhala tuju kepada menyatukan penulis-penulis tanah air dari semua peringkat dan segala aliran pendapat; dan berusaha seluas-luasnya dalam lapangan bahasa, kesusasteraan dan ilmu pengetahuan bersesuaian dengan kepentingan-kepentingan nasional dengan tidak terikat kepada dasar politik kepartian dan terkeluar daripada bidang undang-undang negara.